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办公室主要职责:

负责组织、人事、宣传、纪检、信访、文秘、档案、统计、接待、车辆以及机关事务管理方面的工作。
海洋监察科主要职责:
依照《浙江省南麂列岛国家海洋自然保护区管理条例》进行自然和生态环境保护、设置和维护各种保护标志和设施;指导和监督保护区海监支队工作;组织生态环境的监测和监管,根据有关法律法规对违法行为进行查处;依照《渔业法》等有关法律法规,对南麂海域的渔业生产进行管理等。

规划建设科(风景名胜管理处、行政审批科)主要职责:
负责南麂保护区总体规划,南麂建设等规划的制定及实施;负责岛上重点项目建设和基础设施建设;负责旅游资源开发、旅游设施建设及旅游市场管理;负责建设开发项目的审批、报批和监督等。

海监支队主要职责:
具体执行国家和省有关自然保护区的法律、法规和规定;负责核心区的封闭式管理;负责保护区内海域、陆域的生态环境和生物资源保护的监察工作,与有关部门共同维护保护区的生产秩序;在保护区内对违反《管理条例》及其《实施细则》的行为,具体实施查处;在缓冲区、实验区内制定渔业采捕配额,检查、监督缓冲区、实验区的开发利用活动;设置和维护保护区的各种保护设施和标志;具体检查指导当地群众在缓冲区、实验区内开展的保护管理工作;保护区管理局交办的其他工作。

研究所主要职责:
担任保护区内和科学研究任务,申报科研项目和计划,组织科研工作实施,报告科研成果,总结和推广科研经验;向保护区管理局提供珍稀贝藻类的品种,采取保护的措施,研究发展计划;向保护区管理局提供贝藻类的现状及生态环境监测资料,提出保护措施,研究发展计划;对保护区内的海洋自然资源和生态环境进行监测监视工作,并定期发布监测通报;负责保护区内的贝藻类生物标本的采集、研究和保管;参与和配合国内外海洋及科研机构开展的科研活动;依照《渔业法》和其他有关法律法规,对南麂海域的渔业生产进行指导和管理;负责保护区有关法律法规和政策、生态环境保护和科普教育的宣传工作;保护区管理局赋予的其他任务。

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